Szkoła prowadzi gospodarkę finansową na zasadach jednostki budżetowej nie posiadającej osobowości prawnej.

Dyrektor szkoły sprawuje trwały zarząd, na czas kadencji, nieruchomością gruntową położoną w Gdańsku Wrzeszczu przy alei Legionów 11. Wymienioną nieruchomość stanowią działki o powierzchni 10465 m². Na nieruchomości znajduję się budynek murowany 4 kondygnacyjny o powierzchni użytkowej 3491m². Całkowity stan majątku Szkoły Podstawowej nr 49 im. Księdza Bronisława Komorowskiego w Gdańsku na dzień 01.10.2021 r. wynosi  11 294 339,67 zł.